Zmiany w warunkach naturalnych koralowców, na przykład szczególnie
nasilone ataki huraganów, mogą spowodować nieodwracalne szkody w
środowisku raf koralowych. Ten delikatny ekosystem narażony jest też na
wiele innych niebezpieczeństw, takich jak zdarzające się czasami
gwałtowne zwiększenie populacji rozgwiazd żerujących na koralowcach.
We
wczesnych latach 80. drapieżniki te zdewastowały Wielką Rafę Koralową u
wybrzeży Australii. Chodzi tu głównie o koronę cierniową, ogromną do 45
cm rozpiętości, która pożera korale, zostawiając nagi szkielet, który
wkrótce rozpada się. Po takiej katastrofie koralowce regenerują się
bardzo powoli.
Obecnie rafy koralowe stanęły się w obliczu nowego zagrożenia -
działalności ludzi. Erozja gleby na lądzie i dewastacja lasów
namorzynowych na wybrzeżu powoduje coraz większe zamulenie wód
przybrzeżnych, a następnie obumieranie polipów. Wycieki ropy naftowej,
zanieczyszczenie wody ściekami komunalnymi i przemysłowymi, pogłębianie
dna na szlakach morskich - oto najpoważniejsze zagrożenia dla raf
koralowych.
Katastrofalna w skutkach jest też barbarzyńska metoda połowu ryb na
morzach koralowych - tak zwane głuszenie, czyli detonowanie materiałów
wybuchowych pod wodą.
Innym źródłem zagrożeń jest też atrakcyjność turystyczna raf koralowych.
Rozwój nadmorskich ośrodków turystycznych powoduje zwiększające się
zanieczyszczenie i zamulenie wód przybrzeżnych.
Groźny jest też wandalizm niektórych turystów, którzy odrywają kawałki
koralowca "na pamiątkę". W niektórych regionach koralowce wykorzystuje
się do budowy domów, często też wypala się je, aby uzyskać czyste
wapno. Te zagrożenia można by zmniejszyć, wprowadzając ściślejszy
nadzór, jednak w tym celu należałoby otoczyć rafy koralowe ochroną
prawną.
Jak dotychczas, jedynie połowa krajów, u wybrzeży których
znajdują się rafy koralowe, uznała je za rezerwaty przyrody. Inne
niebezpieczne zjawisko, tzw. wybielanie, związane jest
najprawdopodobniej z globalnym ociepleniem klimatu. Zjawisko to polega
na tym, że kiedy temperatura wody wzrasta powyżej pewnego poziomu,
polipy koralowca "eksmitują" porastające je glony, które nie tylko
zapewniały im odpowiednią ilość tlenu i cukrów, ale też zdobiły bajecznymi kolorami.